Sebaliknya, kontribusi lembaga dalam negeri di luar perguruan tinggi terhadap pendanaan penelitian relatif kecil. Pada TS-2, hanya 6 judul penelitian yang didanai oleh lembaga dalam negeri, dan jumlah ini bahkan menurun pada TS-1 menjadi 4 judul. Namun, terdapat peningkatan yang signifikan pada TS dengan 15 judul yang didanai. Walaupun demikian, jumlah ini masih jauh di bawah kontribusi perguruan tinggi atau pembiayaan mandiri. Hal ini menunjukkan bahwa peran lembaga-lembaga dalam negeri di luar perguruan tinggi masih perlu ditingkatkan dalam memberikan dukungan terhadap penelitian.

Lembaga luar negeri, meskipun tidak sebesar perguruan tinggi atau mandiri, memberikan kontribusi yang cukup signifikan terhadap pembiayaan penelitian. Pada TS-2, lembaga luar negeri mendanai 32 judul penelitian, yang kemudian meningkat menjadi 40 judul di TS-1, dan mencapai 84 judul di TS. Peningkatan ini menunjukkan bahwa penelitian di Indonesia mulai mendapat perhatian lebih dari lembaga internasional. Hal ini bisa disebabkan oleh peningkatan kualitas dan relevansi penelitian yang dilakukan di Indonesia, yang menarik minat lembaga-lembaga luar negeri untuk berinvestasi.

Dari data ini, dapat disimpulkan bahwa meskipun perguruan tinggi dan pembiayaan mandiri mendominasi sumber pendanaan penelitian, lembaga luar negeri mulai menunjukkan peningkatan peran dalam mendukung penelitian di Indonesia. Di sisi lain, kontribusi lembaga dalam negeri (di luar perguruan tinggi) masih relatif rendah dan memerlukan dorongan lebih lanjut untuk meningkatkan dukungan bagi penelitian lokal. Ini menunjukkan pentingnya diversifikasi sumber pendanaan untuk memperkuat ekosistem penelitian di Indonesia, terutama dengan meningkatkan kolaborasi antara akademisi, lembaga dalam negeri, dan luar negeri.